Zu Beginn des Jahrhunderts kam das Heidedorf Marl noch mit drei Schulen aus. Doch mit dem Einzug des Bergbaus wurden die Schulen zu klein und so wurde zunächst am Westrand des Dorfes ein acht klassiges Schulhaus für die katholischen Kinder (die jetzige Overbergschule) errichtet.
Durch den Ausbau der Zeche Brassert und dem damit verbundenen Zuzug der Bergleute reichte auch diese Maßnahme bald nicht mehr aus und so wurde im Jahr 1912 an der Goethestraße eine evangelische Schule und an der Koloniestraße (heute Bonifatiusstraße) eine katholische Schule errichtet.

Ostern 1913 siedelten 6 Klassen aus der Dorfschule in die neue "Katholische Volksschule" über, nur ein Jahr später stieg die Zahl der Klassen auf zwölf an.

Die Bonifatiusschule um 1917

Ab Oktober 1914 wurden in den Räumen der Schule auch Gottesdienste abgehalten, da die Pfarrei St. Georg dem Zustrom der Katholiken nicht mehr gewachsen war. Dieser Zustand hielt an, bis im Jahr 1919 neben der Schule eine Notkirche eingeweiht wurde (8.Dezember).
Im Jahr 1922 wurde eine Förderklasse für schwach begabte Kinder eingerichtet, aus dieser wurde 1924 eine Hilfsschulklasse. 1926 kam eine zweite Hilfsschulklasse hinzu, so dass die Räumlichkeiten der Schule nicht mehr ausreichten. So wurde im Hof eine Baracke errichtet, die diese beiden Klassen und eine reguläre Schulklasse aufnahm (Einweihung 28.04.1928).
Im Jahr 1930 wurde die neue St. Bonifatiuskirche eingeweiht, da die Notkirche baufällig geworden war.

Im Jahr 1936 bekam die Gemeinde Marl die Stadtrechte.

Zur Zeit des Nationalsozialismus erhielt die Schule den Namen "Lettow-Vorbeck-Schule". Da die Lehrer der Schule schon im vorgerückten Alter standen, wurden diese nicht zum Wehrdienst im 2. Weltkrieg eingezogen, sondern konnten den Schulbetrieb bis zum Sommer 1943 aufrecht erhalten. Zum Ende des Krieges wurde das Schulgebäude als Verbandsstätte eingesetzt. Nach der Übergabe der Stadt Marl an die Alliierten, kam es zu Plünderungen in der Schule und nur durch den Einsatz des damaligen Rektors Dr. Milske und des Schulmeisters Anton Seidensticker konnten wertvolle Lehrmittel gerettet werden. Am 17.09.1945 wurde die Schule wieder eröffnet.

Da zum damaligen Zeitpunkt die Goetheschule I (später Martin-Luther-Schule, heute Hauptschule an der Goethestraße) stark beschädigt war und die kath. Kinder nicht so zahlreich wie die evang. Kinder waren, wurden im Jahrgang 1947/1948 die Schulen bis zur Wiederherstellung der Goetheschule I getauscht, dann durften die katholischen Kinder zurück in ihre "Bonifatiusschule".
In den 50er Jahren nahm die Industrialisierung in der Stadt Marl eine rasante Entwicklung, die sich durch rege Baumaßnahmen (die ECA-Siedlung entstand) und Zunahme der Bevölkerung auswirkte. So kam es dazu, dass in der Bonifatiusschule 17 Klasse eingerichtet werden mussten. Da das Gebäude aber nur 12 Klassenräume hatte, wurde der Unterricht in drei Schichten abgehalten. Im September 1956 wurde eine neue, 16 klassige Schule in der ECA-Siedlung eröffnet um für einen vernünftigen Unterricht zu sorgen. Dieses Schulgebäude stand als "Bonifatiusschule II" zunächst unter der Verwaltung der Bonifatiusschule. Im Jahr 1959 umfasste die gesamte Bonifatiusschule 21 Klassen mit 20 Lehrerstellen und 856 Kindern.
Im Jahr 1960 wurde die Bonifatiusschule in zwei selbstständige Systeme aufgeteilt, die Bonifatiusschule II erhielt 1962 den Namen "Dr.-Carl-Sonnenschein-Schule". Außerdem wurde im Jahr 1962 das Barackenlager Bonifatiusstraße 24 abgebrochen, so war endlich Platz für eine Turnhalle, die am 21. Juni 1965 eingeweiht wurde.
Durch die Schulreform 1968/69 wurde aus der Katholischen Volksschule eine Katholische Grundschule mit den Jahrgängen 1 bis 4, ab August 1968 wurde auch die evangelische Martin-Luther-Grundschule in den Räumen der Bonifatiusschule untergebracht. Am 1.8.1969 wurden die konfessionellen Grundschulen zur "Gemeinschaftsgrundschule Bonifatiusschule" zusammengelegt, Leiter der Schule wurde Heiner Kuhlmann.
Zu diesem Zeitpunkt wurden eine Vorklasse (Grundschulversuch in NRW) und zwei Gruppen des Schulkindergartens in den Schulbetrieb mit aufgenommen. Im Schulkindergarten werden schulpflichtige, nicht schulreife Kinder auf die Schule vorbereitet.
Am 15. Dezember 1972 wurde die neu errichtete Pausenhalle, als Verbindung zwischen Hauptgebäude und Turnhalle, mit einer Feier eingeweiht.
Nach langjähriger Tätigkeit nahm am 14. Juli 1987 Rektor Kuhlmann seinen Abschied von der Bonifatiusschule, Frau Knoche wurde am 4. Mai 1988 seine Nachfolgerin. Im März 2017 wurde Frau Claudia Kilimann in ihr Amt als aktuelle Schulleiterin eingeführt.
Der Förderverein der Bonifatiusschule hatte im März 1991 seine Gründungsversammlung und unterstützt seit dem die Schule. Auch heute noch sind einige Gründungsmitglieder im Verein vertreten.